한국위원회는 2012년 8월 20일의 회의 및 12월 5일의 정기총회에서 다음과 같이 한·일역사가회의 운영에 관한 새로운 결정을 하였습니다.

1.  한·일역사가회의 운영위원회는 독자성과 자율성을 갖고 별도 운영한다.
2.  한·일역사가회의 운영위원회는 다음과 같이 개편한다.
(1) 현재의 한·일역사가회의 운영위원 차하순(위원장), 이태진(위원), 오성(위원) → 이태진(위원장)+2인(위원)으로 개편한다. 운영위원 2인의 선정은 이태진에게 위임한다. 다만 차하순은 일본 측 이타가키유조(板垣雄三)의 카운터파트로 고문 자격으로 참여한다.
(2) 한·일역사가회의 운영위원회는 별도의 운영규정을 둔다. 다만, 이 운영규정은 12월 총회 전까지 한국위원회 운영위원회의 승인 및 총회의 인준을 받음으로써 한·일역사가회의 운영위원회 개편은 완료되는 것으로 간주한다.
(3) 한·일역사가회의 운영위원회는 별도의 사무국(혹은 간사)을 둔다.
(4) 한·일역사가회의 운영위원회는 한국위원회 총회에서 활동내역을 보고한다.

한국위원회 총회는 2012년 12월 5일 위와 같은 내용을 추인하고 한·일역사가회의의 재정 및 진행을 책임질 운영위원회 위원장 이태진(서울대 명예교수: 한국사), 위원 김영한(서강대 명예교수: 서양사), 위원 배경한(신라대 교수: 동양사)의 3인을 승인하였습니다.